Aunque os parezca una tontería, a veces utilizar un cliente de FTP u otro puede ser importante a la hora de la seguridad en tu web. Resulta que yo antes utilizaba el Smart FTP, por supuesto bajado de su página web gratuitamente, el cliente FTP es genial, por lo menos para mi. Era un coñazo tener que darle al botón de que no está registrado y tal, pero bueno, dentro de lo que cabe a mi me encantaba.
Pues resulta que este cliente FTP tiene un agujero de seguridad, no me pregunteis porque no se cual es, por el cual se introducen en tus sitios web metiendo un script en php, el cual ejecutan y luego borran de tu ftp sin que te enteres. Lo malo es que consiguen la password de tu sitio y claro, luego lo utilizan para hacer el MAL. También cogía todas las passwords que tenía en favoritos.
Sobre todo lo utilizan para hacer spam. Y te joden bien porque hacen ejecutarse todos tus scripts y si tienes algo que no quieres que se ejecute malo, aparte el gran tráfico que hace que se te genere y la consiguiente bajada en el rendimiento del servidor.
Desde aquí quería compartir mi mala experiencia con el Smart FTP. Después de un tiempo manejando el Total Commander 32 (que dicen que es el más seguro), me he pasado, como no, al FileZilla, la verdad es que no tiene tantas opciones como el smart FTP, pero a mi me gusta mucho.
Espero que esto os pueda servir de ayuda.